热能工程研究所成立于1987年，前身为上海交通大学电力学院能源工程系，下设“热能工程”和“电厂热能动力工程”两个专业。1998年，能源工程系并入上海交通大学动力与能源工程学院，更名为热能工程研究所。目前热能工程研究所拥有热能工程博士和硕士学位授予权，所属的“动力工程及工程热物理”一级学科为国家重点学科。现有教职工20人，其中教授6名，副教授8名，助理教授3名，专职科研人员和博士后2人。研究所建有“燃煤污染物减排国家工程实验室（上海）”、“国家油页岩综合利用基地技术研发中心”、“机械工业煤(气)高效燃烧与超低排放重点实验室”、“工业锅炉节能环保技术联合实验室”和“固体废弃物处理与污染控制联合实验室” 等研究基地。